一觉睡醒，竟然回到了精灵时代？五百年前，时空重叠，奇怪的生物突然出现在世界各个角落。它们有的乖巧可爱，有的凶暴残忍，不过无一例外都能够释放各种奇怪的元素技能。而后人类花费了三百年的时间与其和平共处。只是这并不是结束，而是开始。空间重叠事件时有发生，时刻危害着人类的安全。当僵尸成群袭来……远古巨兽咆哮而至……各种凶兽捕猎人类……为了保护美好的世界，人类开始使用神奇宝贝与其抗衡，进入全面战争时代。