这个世界上有透明人，也有可以让人变透明的药。透明人因为不会被看见，所以没有人注意到他们的存在；然而，这个城市一定有这样的人。这是孤独少年阳一唯一尊敬的人——真锅先生说的话。孤僻的真一不管是在学校，或是和同学或和妈妈在一起，都觉得很难融入，唯一能让他安心与信赖的人，就是这位真锅先生。但是，真锅先生为什么会知道这些秘密呢？阳一住的小城发生了离奇的失踪事件，密室中的女人像水蒸气一样的消失了，阳一觉得只有透明人才有办法从密室把人带走而不被发现……